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故事叙述继《生化危机5惩罚》3个星期后，唯一的幸存者艾莉丝遭威斯克背叛导致全军覆没。
幸存的她遇见人形智能电脑“红后”得知保护伞公司研发了一种能解开一切病毒的解药。
但必须在48小时回到恶梦开端的拉昆市，在那里保护伞公司正在集结军队打算给予幸存的反抗者们致命一击。
失去超能力的艾莉丝与老友克莱儿等人联手，来对抗其僵尸与新的变种怪物，以守护仅存的希望、拯救人类。
正获得解药之际，艾莉丝终于解开自己的身份。
电影《生化危机6》的结局有以下几种解读：
女主爱丽丝被飞怪追赶，由于没有了超能力也没有了T病毒，女主相当于一个普通女子，手无缚鸡之力，被飞怪活活咬死。剩余的人类也都被飞怪咬死，地球上满是荒漠和残垣破壁，以及几百只在天空盘旋的飞怪。
虽然影片名为最终章，并且解药已经被释放，整个地球将会被清洗，但导演依然用角色之口说药效传遍全球需要数年。电影结尾几只变异丧尸鸟很好的点缀着这一结尾，给《生化危机》系列留下了想象的空间。
女主爱丽丝得知自己是克隆体，本体是保护伞公司创始人的女人，她不幸得了先天衰老疾病，按照自己的模样克隆出了艾丽丝，并将自己全部的理想寄托于她。在影片最后，甚至给了艾丽丝自己的童年。这对艾丽丝来说无疑是种重生。
以上解读仅供参考，不同的人对电影结局的理解会有所不同，建议观看原片深入体会。
生化危机电影6的结局指的是在全球瘟疫的情况下，主角艾丽斯最终能否拯救人类，打败红衣主教和宿敌Umbrella Corporation。这个结局一共有两种，分别是艾丽斯成功拯救地球，终于能够开始重获自由，另一种是艾丽斯成为克隆人，永远战斗在瘟疫中。这个结局提示了人类中的政治与科技对大灾难中的人类影响，同时也反映了拯救人类需要的勇气与牺牲。